Interview de Cédric Aubouy au sujet de son stage à l’IRD

Cédric Aubouy, 22 ans, étudiant à l’Epita, actuellement en 4ème année, en option de spécialisation Systèmes d’Information et Génie logiciel, a travaillé à l’Institut de Recherche pour le Développement sur la simulation épidémiologique de la dengue. Il nous rend compte de son stage à l’Institut de Recherche pour le Développement

Cédric, tu as effectué un stage de 4 mois à l’IRD, l’Institut de Recherche pour le Développement. Peux-tu nous présenter cet institut ?

Cedric-AubouyL’IRD est un organisme français de plus de 800 chercheurs et autant d’ingénieurs et de techniciens, qui mène des programmes de recherche en coopération avec des pays de l’hémisphère Sud. Ses axes d’études sont très diversifiés, mais ont en commun de répondre à des problématiques de développement qui peuvent toucher aussi bien l’environnement (étude du climat, risques naturels), les ressources vivantes (gestion durable des écosystèmes, défense des cultures contre les parasites et prédateurs) ou les sociétés humaines (santé, interactions sociétés / risques environnementaux). Les chercheurs de l’institut, partagés entre leurs travaux dans les centres de recherche en France et leur présence sur le terrain à l’étranger, aident donc les pays concernés à relever des défis parfois cruciaux pour leur développement. Bref, l’IRD est un organisme unique !

En quoi ton stage a-t-il consisté ?

Personnellement, j’ai travaillé au centre de Bondy en région parisienne sur la simulation épidémiologique de la dengue, une maladie infectieuse propagée par des moustiques, qui connaît une importante résurgence depuis une dizaine d’années et contre laquelle il n’existe pas de vaccin pour le moment. J’ai été encadré par deux directeurs de recherche de l’institut : Alexis Drogoul, spécialiste des applications de l’intelligence artificielle distribuée aux problématiques de développement des programmes de l’IRD, et Marc Souris, spécialiste des maladies virales émergentes et des systèmes d’information qui contiennent les informations qui leur sont liées.

Qu’est-ce qu’un informaticien apporte dans la résolution d’un problème qui semble concerner d’abord la médecine ?

Les épidémiologistes de l’IRD étudient les formes de propagation des maladies infectieuses pour trouver des méthodes de lutte et de prévention plus efficaces. Dans le cas de la dengue, le virus est transmis par une espèce de moustiques particulière. Pour comprendre la dynamique des épidémies engendrées, les chercheurs doivent prendre en compte une multitude de facteurs : le comportement de ces moustiques (comment se déplacent-ils, avec quelle probabilité piquent-t-ils un humain ?), l’impact des conditions environnementales sur ces moustiques (climat de la région, présence de points d’eau), et les déplacements de populations dans la région considérée (flux de travailleurs dans la journée).

Dans ce contexte, où les données amassées sur le terrain sont très nombreuses et complexes, l’informaticien apporte des outils conceptuels et une puissance de calcul pour réaliser des « expériences numériques ». Il crée une représentation simplifiée de la réalité, qui fait correspondre à chacun de ces moustiques un comportement intelligent, et définit des règles d’interaction entre ces moustiques et les humains -par exemple des lois de probabilité pour savoir quand il peut piquer un humain. L’informaticien identifie ces acteurs, reproduit leur comportement et fournit aux spécialistes le moyen de simuler leurs interactions et d’observer l’évolution de l’épidémie, à partir de paramètres initiaux modifiables par ces spécialistes -comme le comportement d’un moustique. Ainsi ont-ils la possibilité de confronter la réalité du terrain avec le résultat de ces simulations et d’en déduire des moyens de prévention et de lutte efficaces.

Ce travail d’informaticien est à mi-chemin entre le génie logiciel -la modélisation d’une architecture informatique à partir des informations recueillies sur le terrain, et l’intelligence artificielle -la simulation du comportement d’un grand nombre de moustiques et d’humains en interaction. Grâce à ce type de simulations informatiques, la recherche en épidémiologie peut être grandement facilitée.

Quelles satisfactions et quelle expérience nouvelle t’a apporté ce stage à l’IRD ?

Aider des spécialistes de haut niveau à améliorer la lutte contre un problème de santé publique est très gratifiant. En tant qu’étudiant, travailler au sein d’une unité de recherche où je pouvais côtoyer tous les jours ces chercheurs a été très stimulant et enrichissant. J’ai appris à voir les problématiques auxquelles j’avais à faire face sous un angle différent : des biologistes, des virologues, des mathématiciens m’ont montré des manières différentes de résoudre ces problèmes.

Ce stage m’a montré que la recherche offre des métiers passionnants où l’ingénieur informaticien apporte une aide déterminante, aussi bien dans l’approche méthodologique que dans la maîtrise des données. Cette complémentarité permet aux chercheurs de s’affranchir de ces contraintes et de se concentrer sur leur activité de base : la recherche.